Hyperledger Fabric también admite contratos inteligentes, que son contratos informáticos escritos sobre la base de un lenguaje de programación y ejecutados de forma automática e inmutable. También se denominan chaincode, que contiene la lógica empresarial. El código de cadena se ejecuta en una red distribuida de pares conectados por un sistema descentralizado. Cada peer (nodo) de la cadena de bloques posee una copia completa del libro mayor de la cadena de bloques y valida las nuevas transacciones y bloques antes de añadirlos a la cadena de bloques. Cuando se ejecuta un contrato inteligente, la ejecución se comprueba y valida con todos los pares para garantizar que es correcta. Estos contratos inteligentes pueden utilizarse para automatizar procesos y garantizar que se cumplen determinadas condiciones antes de ejecutar una transacción. Dicho de otro modo: Cuando se ejecuta un contrato inteligente, la ejecución se comprueba y valida en los nodos endosantes (los nodos en los que está instalado el código de la cadena pueden confirmar las transacciones). 

Otra ventaja de los contratos inteligentes es que las transacciones sólo se realizan entre partes de confianza. Esto es especialmente importante para las aplicaciones empresariales en las que la confianza y la seguridad son fundamentales.

La plataforma Hyperledger Fabric es altamente segura y ofrece soporte integrado para la confidencialidad y la privacidad. Esta función de recopilación privada de datos permite almacenar y compartir datos privados entre determinados participantes de la red, al tiempo que permanecen ocultos para los demás.